本中心主要任務為：整合本校相關院系所及國內外之研究資源與能量；強化具有區域特性之研究主題，發展台灣主體性與全球化相關之議題；以及建立活躍的研究社群，並培育人文社會科學青年學者。這些任務旨在落實本中心於97年間向教育部提出補助申請書時所揭櫫的四大中心理念：(1)豐富本校人文社會科學跨國跨領域整合、並提升南台灣學術發展實力；(2)透過科際整合，開拓人文社會與科技之對話空間；(3)以時間為經、地方為緯，豐富人文與社會研究的內涵；(4)推動相輔相成之研究計畫，達成學術整合之綜效。

本中心的發展策略是：致力於協助校內表現傑出、具領導整合能力的同仁組成團隊，向本中心申請整合型計畫，而且這些計畫必須能根據本中心的研究主軸，善用本校研究資源、扣緊具南台灣特色，而且又有國際合作的空間。本中心的發展目標就在於落實這個策略、讓本校跨領域的研究能量更為活絡，也藉此讓本中心獲得校內外學者普遍的認同與支持。在此一發展策略下，本中心致力於推動兩大研究主軸：(1)「跨國跨領域的文史研究」和(2)「高齡化社會健康治理」。以及本中心102至108負責執行科技部「人文創新與社會實踐」計畫，因此在以上兩大研究主軸之外，亦將社會實踐型的研究與教學之推動納入中心特色。